A cidade tem nome de santo, mas já foi terra de índio bravo e negros guerreiros. Os primeiros habitantes da região de São Roque de Minas foram os índios cataguases, que apesar da fama de ferozes, foram dizimados pelos brancos ainda no século 17. Praticamente nada ficou deles, além do nome. Depois vieram os negros escravos fugidos que formaram alguns quilombos célebres na região da Serra da Canastra. O mais famoso foi o do Pai Inácio, que dizem ter sido tão grande quanto o de Palmares. Os negros aproveitaram muito bem a abundância de água e as terras férteis da cabeceira do São Francisco e viviam da  agricultura, da pesca e da caça. Resistiram durante longos anos ao domínio dos brancos, mas foram aniquilados numa batalha sangrenta sob o comando de um certo Diogo Bueno da Fonseca, em meados do século 18.

A herança dos escravos guerreiros ficou em nomes como Ribeirão do Quilombo, cachoeira do Quilombo e Capão Forro, nome que pode ser "traduzido" por mata do escravo livre.

A vida econômica do município se baseia na produção do queijo canastra há mais de um século. Uma economia semi-clandestina, já que a produção é artesanal e ninguém paga imposto. 90% do queijo é levado para a região metropolitana de São Paulo e distribuído através de pequenos comerciantes. O rebanho bovino do município é de aproximadamente 50 mil cabeças. A segunda maior atividade em importância é a cafeicultura, cuja área de plantio cresceu muito nos últimos dois anos.

A segunda maior atividade em importância é a cafeicultura, cuja área de plantio cresceu muito nos últimos dois anos.

Em 1819, o naturalista francês Auguste de Saint-Hilaire conheceu a Serra da Canastra e revelou que a cidade de Piunhi nasceu de um acampamento de soldados reunidos para combater os negros da Canastra. 

A população encontrada por Saint-Hilaire nas fazendas da época já era outra: brancos e mestiços vindos dos centros de mineração em decadência, os primeiros habitantes da pequena povoação que se formaria próximo à capela de São Roque e se tornaria distrito de Piunhi em 1842.

Quase um século depois, em 1938, São Roque virou cidade independente, mas trocou de nome: Guia Lopes, em homenagem a José Francisco Lopes, o guia das tropas brasileiras no episódio da guerra do Paraguai conhecido como Retirada da Laguna. Só em 1962, a cidade foi legalmente rebatizada com o nome atual, São Roque de Minas.

A população rural, que em 1970 representava quase 77% do total de moradores, passou a representar apenas 56% em 1991 e 41% no ano 2000. Outro fenômeno interessante foi redução da população: São Roque de Minas tinha 7.143 habitantes em 1970, número que caiu para 6.323 em 1991 e permaneceu praticamente inalterado segundo o censo de 2000 (6.326 habitantes).

O turismo começa a se destacar como atividade econômica e promete mudar a vida da cidade. Nos últimos 10 anos surgiram muitas pousadas e outros empreendimentos no setor. O número de visitantes anuais saltou de aproximadamente 2 mil para mais de 30 mil, conforme os registros do Parque Nacional.

Os principais entraves ao desenvolvimento equilibrado do município são a falta de infra-estrutura e de planejamento no setor público. Embora pequena, a cidade já tem problemas com o lixo e o esgoto doméstico. A Prefeitura mantém uma usina de reciclagem de lixo que funciona precariamente e os esgotos são despejados no rio do Peixe, um sub-afluente do São Francisco.

Apesar do perfil agrícola, São Roque de Minas, como a maioria dos municípios brasileiros, passou por um êxodo rural expressivo.